Původně byl klášter postaven ve slohu románském a po požáru byl obnoven ve slohu gotickém.

V době husitských válek byl klášter dvakrát husity dobyt a vypleněn. Kostel byl znovu posvěcen v r. 1462. Konec těmto snahám učinil český král Jiří z Poděbrad, který v r. 1467 daroval klášter lipnickému pánu Burianu Trčkovi z Lípy. Premonstráti byli vyhnáni a útočiště nalezli v Jihlavě.

Řeholní život v Želivě byl obnoven v r. 1622. Tehdy strahovský opat Kašpar Questenberk klášter vykoupil. Mezitím klášter získal zase samostatnost. Prvním opatem po obnově byl zvolen Siard Falco. Jeho zásluhou se klášter opět stal duchovním, hospodářským i kulturním centrem. Bylo také založeno klášterní filozoficko-teologické studium. První polovina 18. stol. byla dobou velkého rozkvětu kláštera.

Po velikém požáru v r. 1712 byl klášter obnoven ve slohu barokní gotiky Janem Blažejem Santinim. 
V době josefinských reforem se klášter zachránil před zrušením. Premonstráti převzali gymnázium v Německém (Havlíčkově) Brodě. Po dlouhá desetiletí pak gymnázium spravovali a také významným způsobem přispěli k národnímu obrození. Na počátku dvacátého století klášter znovu vyhořel, naštěstí však ne kostel a konvent. Budova opatství byla obnovena v pseudobarokním slohu a vyzdobena ve slohu secesním.

V době komunistické éry v r. 1950 byl Želivský klášter zrušen. V budově kláštera byl zřízen internační tábor pro režimu nepohodlné kněze a řeholníky (internační tábor – vězení bez rozsudku). Od r. 1957 až do r. 1992 byla v klášteře psychiatrická léčebna. 

Od května 1991 je klášter obýván řeholní komunitou Premonstrátů.

Působivá je obrazová galerie zdejších opatů.